מימד פדגוגי
ב"ס "יונתן" פועל לקידום למידה משמעותית ועדכנית, שמובילה להישגים לימודיים, למימוש עצמי ולמצוינות אישית ובית ספרית. צוות ביה"ס מאמין, שהחינוך הוא מעשה מכוון המסייע בהתפתחותם של הלומדים וביצירת אוירה של חום ואהבה, כבסיס לעיצוב אדם, המכיר בערך עצמו ומשתלב בסביבתו תוך פיתוח אחריות, מעורבות ומחויבות, תוך עידוד לתרבות של מצוינות בהוראה, בלמידה ובחינוך, תוך עידוד של יצירתיות וביטוי עצמי.
ב"יונתן" מורים מלמדים בסביבות למידה מגוונות וחדשניות בתוך ומחוץ לבית הספר בסביבתו הטבעית הקרובה תוך יצירת פדגוגיה חדשנית, פורצת דרך, המתבססת על חזקות בית הספר ומושגי המפתח של מקום, פעילות, שותפים, הערכה וזמן. ב"יונתן" ישנה פינת חי אורבנית מטופחת,פינת זוחלים נדירים בהם מטפלים ילדי בית הספר באופן קבוע ושם מתקיימים שיעורים בתחומי התוכן השונים
מימד קהילתי
"יונתן" נמצא בסביבה הקרובה לטבע, למרגלות גבעות הרי גרינטל, ומנצל את המשאבים הטבעיים ללמידה וכן לעשייה לשימור הסביבה הקרובה יחד עם גורמים מהרשות העירונית וגופים בעלי אג'נדה סביבתית מובהקת כמו הרשת הירוקה, החברה להגנת הטבע וגופים חברתיים וקהילתיים שונים.
בבית הספר יונתן שמים דגש על מעורבות משמעותית של התלמידים בסביבה האורבנית והטבעית. תלמידי בית הספר פועלים למען קשרי קהילה מיטביים עם הדיירים השכנים ועם מוקדים קהילתיים לאורך כל השנה. יצירת קשרי הקהילה הוא ערך עליון ואנו פועלים למען פיתוח פרויקטים ייחודיים בתחום. קהילת הורי בית הספר מעורבת ויוזמת פעילויות למען קהילת תלמידי והורי בית הספר .
מימד ארגוני
ייחודיות בית הספר משתלבת בכלל תהליכי העבודה והמבנה הארגוני של ביה"ס. משאבים ותקציבים מופנים לטיפוח סביבות הלמידה הייחודיות ותוכניות הלימודים נשזרות בתכנים בדגש לטבע, לאורח חיים בריא ולסביבת בית הספר הקרובה. ב"יונתן" זמן קבוע למפגשי צוות מרים רחב קבועות העוסקות בנושא וצוות ייחודיות שנפגש באופן סדיר מתכנן את שגרת העבודה בתחום. מערכת השעות תומכת בייחודיות וכל כיתה לומדת במרחבי הלמידה המגוונים שפותחו בביה"ס. כלל מורי בית הספר משלבים לפחות שתי יחידות למידה הוראה והערכה משמעותיות המותאמות למאה ה21 בדגש על ערכים, מעורבות ורלוונטיות לייחודיות. כלל תלמידי ביה"ס פועלים בפדגוגיה חדשנית
מימד הון אנושי
העיקרון הפדגוגי המוביל ב"יונתן" במימד ההון האנושי, שם דגש על ביסוס תחושת השייכות במעגלי העשייה המתרחבים כמנוף להעצמה רגשית, חברתית ומקצועית ברמת התלמיד, המורה, הכיתה וכלל באי בית הספר. מורים משתלמים לאורך שנים בתחומים פדגוגיים מגוונים שלהוראה במאה ה21, רכישת כלים טכנולוגיים ודרכי הוראה חדשניות הבאות לידי ביטוי בדרכי ההוראה מגוונות. ביה"ס קלט בשנים האחרונות מורות חדשות המשתלבות במערך החינוכי ומובילות פדגוגיות הוראה חדשניות